ایجاد نظم و درک اطلاعات بدون ساختار در سیلوهای متفاوت یکی از پیشرفت های مهم عصر کلان داده بوده است ، و امروزه یک استارتاپ اروپایی که بستری را برای کمک به این چالش به طور خاص در زمینه علوم زندگی ایجاد کرده است – و به طور قابل توجهی ، توسط آزمایشگاهها برای توالی و شناسایی دو نوع اصلی Covid-19 مورد استفاده قرار می گیرد-اعلام می کند که برخی از منابع مالی را برای ادامه ساخت ابزارهای خود برای مجموعه وسیع تری از موارد استفاده و گسترش در آمریکای شمالی اعلام می کند.
Seqera Labs ، یک پلت فرم هماهنگ سازی داده ها و گردش کار مستقر در بارسلونا که برای کمک به دانشمندان و مهندسان جهت سفارش و کسب اطلاعات از داده های ژنومی مبتنی بر ابر و همچنین مقابله با دیگر برنامه های کاربردی علوم زندگی که شامل استفاده از داده های پیچیده از چندین مکان است ، طراحی شده است. 5.5 میلیون دلار بودجه تأمین می شود.
چنین سرمایه ای و Speedinvest این دور را با مشارکت حامی قبلی نیز رهبری کرد BoxOne Ventures و کمک مالی از طرف ابتکار چان زاکربرگ ، تلاش مارک زاکربرگ و دکتر پریسیلا چان برای حمایت از پروژه های نرم افزار منبع باز برای کاربردهای علمی.
Seqera – دروازه بان “دنباله” و “عصر” ، اساساً سن تعیین توالی داده ها – قبلاً کمتر از 1 میلیون دلار جمع آوری کرده بود ، و بی سر و صدا ، در حال حاضر درآمدزایی می کند ، زیرا پنج شرکت بزرگ دارویی جهان بخشی از مشتریان آن هستند. پایگاه ، در کنار بیوتکنولوژی و دیگر مشتریان علوم زیستی.
Seqera از مرکز تنظیم ژنومیک خارج شد ، یک مرکز تحقیقات زیست پزشکی مستقر در بارسلونا ، جایی که به عنوان برنامه تجاری Nextflow ، گردش کار منبع باز و نرم افزار تنظیم داده ها در ابتدا توسط بنیانگذاران Seqera ، Evan Floden و پائولو دی توماسو ، در CGR.
فلودن ، مدیرعامل Seqera ، به TechCrunch گفت که او و دی توماسو انگیزه ایجاد Seqera در سال 2018 را داشتند ، زیرا دیدند Nextflow در جامعه علم زندگی بسیار مورد توجه قرار گرفت و متعاقباً درخواست های مکرر زیادی برای سفارشی سازی و ویژگی های بیشتر دریافت کرد. هر دو Nextflow و Seqera استفاده زیادی داشته اند: شرکت گفته است که زمان اجرای Nextflow بیش از 2 میلیون بار بارگیری شده است ، در حالی که ارائه ابر تجاری Seqera در حال حاضر بیش از 5 میلیارد وظیفه را پردازش کرده است.
همه گیری کووید -19 یک مثال کلاسیک از چالش حاد است که Seqera (و با همکاری Nextflow) قصد دارد در جامعه علمی به آن بپردازد. با شیوع کووید -19 در سطح جهان ، هر بار که آزمایش کووید -19 در آزمایشگاه انجام می شود ، نمونه های ژنتیکی زنده ویروس جمع آوری می شود. روی هم رفته ، این میلیون ها آزمایش نشان دهنده یک معدن طلا از اطلاعات در مورد ویروس کرونا و نحوه جهش آن ، و زمان و مکان آن است. برای یک ویروس جدید که اطلاعات کمی در مورد آن وجود دارد و هنوز هم ادامه دارد ، این داده های ارزشمندی است.
بنابراین مشکل این نیست که داده ها برای بینش بهتر وجود داشته باشند (وجود دارد). این تقریباً غیرممکن است که از ابزارهای قدیمی تر برای مشاهده این داده ها به عنوان یک مجموعه جامع استفاده شود. این در مکانهای زیادی وجود دارد ، و مقدار زیادی از آن وجود دارد ، و هر روز در حال افزایش است (و هر روز تغییر می کند) ، به این معنی که روشهای سنتی انتقال داده ها به یک مکان متمرکز برای اجرای تجزیه و تحلیل بر روی آن فقط کارآمد نخواهد بود ، و اجرای آن هزینه زیادی خواهد داشت.
Segera وارد اینجا می شود. فناوری شرکت هر منبع داده را در ابرهای مختلف به عنوان یک خط لوله برجسته در نظر می گیرد که می تواند به عنوان یک واحد ادغام شده و تجزیه و تحلیل شود ، بدون اینکه این داده ها هرگز از زیرساخت هایی که در آن وجود دارد خارج شوند. دانشمندان می توانند با تمرکز بر روی ژنومیک ، از این اطلاعات برای بینش بیشتر استفاده کنند. Seqera مرکز کشف انواع آلفا و دلتا ویروس بود و همچنان کار در حال ادامه است زیرا کووید -19 همچنان در حال کوبیدن کره زمین است.
Seqera در انواع دیگر کاربردهای پزشکی مانند قلمرو به اصطلاح “داروهای دقیق” استفاده می شود. این به عنوان یک فرصت بسیار بزرگ در زمینه های پیچیده مانند سرطان مطرح می شود: سرطان بسته به عوامل متعدد ، از جمله تفاوت های ژنتیکی خود بیماران ، جهش می یابد و رفتار متفاوتی از خود نشان می دهد ، این بدان معناست که اگر “برای همه اندازه ها مناسب باشد” ، درمان ها کمتر مثر هستند. به طور فزاینده ای ، ما رویکردهایی را می بینیم که از یادگیری ماشین و تجزیه و تحلیل داده های بزرگ برای درک بهتر سرطان های فردی و نحوه ایجاد آنها در جمعیت های مختلف استفاده می کند و متعاقباً درمان های شخصی تری ایجاد می کند و Seqera به عنوان راهی برای توالی این نوع داده ها مطرح می شود.
این مورد چیز دیگری را نیز در مورد سکوی Seqera برجسته می کند: این برنامه مستقیماً توسط افرادی که داده ها را تجزیه و تحلیل می کنند – یعنی خود محققان و دانشمندان – استفاده می شود ، بدون اینکه متخصصان داده لزوماً نیاز به مشارکت داشته باشند. فلودن به من گفت که این یک اولویت عملی برای شرکت بود ، اما با این وجود ، این جزئیات جالبی است که چگونه این پلت فرم ناخواسته بخشی از آن روند بزرگتر نرم افزار “بدون کد/کم کد” است که برای استفاده از فرآیندهای بسیار فنی طراحی شده است. توسط افراد غیر فنی
این هم فرصت موجود است و هم اینکه چگونه Seqera در آینده روی انواع دیگر داده هایی که در ابر زندگی می کنند به کار گرفته می شود که آن را به یک شرکت جالب تبدیل کرده است و به نظر می رسد سرمایه گذاری جالبی نیز باشد.
کریل تاسیلوف ، مدیر در Talis Capital ، در بیانیه ای گفت: “پیشرفت در یادگیری ماشین و افزایش حجم و انواع داده ها منجر به کاربردهای روزافزون علوم رایانه در علوم زیستی و زیست شناسی می شود.” وی گفت: “در حالی که این امر از دیدگاه بشریت فوق العاده هیجان انگیز است ، هزینه آزمایش ها را گاهی اوقات به میلیون ها دلار در هر پروژه افزایش می دهد ، زیرا اجرای آنها برای کامپیوتر سخت و پیچیده است. Nextflow در حال حاضر یک راه حل همه جا در این فضا است و Seqera این توانایی ها را در سطح سازمانی هدایت می کند – و با این کار ، کل صنعت علوم زیستی را وارد عصر مدرن می کند. ما خوشحالیم که بخشی از سفر سقرا هستیم. “
آرنود باکر ، مدیر Speedinvest ، می افزاید: “با انفجار داده های بیولوژیکی از توالی DNA ارزان و تجاری ، نیاز مبرم به تجزیه و تحلیل حجم فزاینده و پیچیده داده ها وجود دارد.” “چارچوب باز و ابری Seqera یک مجموعه ابزار پیشرفته را ارائه می دهد که به سازمان ها اجازه می دهد تا توسعه پیچیده تجزیه و تحلیل داده ها را افزایش داده و راه حل های علوم زندگی مبتنی بر داده را فعال کنند.”
فلودن گفت: اگرچه پزشکی و علوم زیستی شاید امروزه واضح ترین و به موقع ترین کاربردهای Seqera باشند ، اما چارچوبی که در اصل برای ژنتیک و زیست شناسی طراحی شده بود ، می تواند در زمینه های دیگری نیز کاربرد داشته باشد: آموزش هوش مصنوعی ، تجزیه و تحلیل تصویر و نجوم سه مورد اولیه هستند. نجوم شاید بسیار مناسب باشد ، زیرا به نظر می رسد آسمان محدود است.
فلودن گفت: “ما فکر می کنیم در قرن زیست شناسی هستیم.” “این مرکز فعالیت است و در حال تبدیل شدن به داده محور است ، و ما اینجا هستیم تا خدمات حول آن ایجاد کنیم.”
Seqera ارزش گذاری خود را فاش نمی کند.